Филиал создан в 1993 году по инициативе Общенационального лидера Гейдара Алиева с целью оказания помощи соотечественникам в получении высшего образования в городе Дербенте, где компактно проживают азербайджанцы.  

По указанию Президента Азербайджанской Республики построен и сдан в эксплуатацию новый учебный комплекс Дербентского филиала Экономического университета. Кампус, отвечающий современным требованиям, предусмотрен для 1500 студентов. В кампус входит общежитие на 200 студентов, библиотека, спортивный зал и бассейн, а также лицей на 200 человек.

По приказу Министерства науки и образования Российской Федерации от 25 ноября 2015 года № 2220 выдана лицензия для Дербентского филиала UNEC. В Дербентском филиале UNEC утверждены Правила приема на ступень бакалавра высшего образования для 2016/2017 учебного года, разработанные в соответствии с приказом Министерства науки и образования Российской Федерации от 14 октября 2015 года № 1147.   Правила приема утверждены решением Ученого совета UNEC от 25 декабря 2015 года № 142.

28 ноября 2016 года состоялось официальное открытие филиала Азербайджанского государственного экономического университета в городе Дербент Республики Дагестана Российской Федерации.

Прием в филиал проводится в соответствии с правилами приема студентов Российской Федерации. Обучение осуществляется на русском языке.